Температура хранения зависит от того, нужно ли томатам ещё дозреть. Недозрелые плоды оставляют в более тёплых условиях до нужной степени зрелости. Раннее охлаждение замедляет этот процесс, а слишком низкая температура может ухудшить качество.

Спелые томаты можно переместить в более прохладные условия, чтобы замедлить дальнейшее созревание. Томаты выделяют этилен, поэтому их соседство с другими продуктами учитывают при хранении.